Varie le vicende storiche di questa chiesa che, secondo la leggenda, sarebbe stata eretta per desiderio di San Francesco d'Assisi, giunto nel Salento di ritorno dalla Terra Santa. L'attuale struttura risale al XVII-XVIII sec.; cinquecentesco è il campanile e qualche traccia della costruzione medioevale si trova nell'antico accesso di via Pasca. Il prospetto, del 1736, ha la parte centrale rientrante e il portale preceduto da un grande portico riparato ad arco. E' questa la più antica chiesa di Gallipoli, il cui interno, a tre navate, si sviluppa su di un'ampia superficie. Dieci cappelle dotano questa chiesa, cinque a destra, chiuse, ed altrettante a sinistra, tra loro comunicanti e coperte di volte. Percorrendo la chiesa procedendo dall'ingresso, a destra si trova la Cappella di Sant' Antonio da Padova, con la statua del titolare che regge il Bambino; la Cappella di Santa Francesca Romana, con altare in marmo policromo e statua lignea della Santa; la terza Cappella contiene una Natività in pietra del XV sec., di Stefano da Putignano. Sopra questo presepe un grande organo del 1726. Segue, sul pilastro, una statua in pietra, del '400, della Vergine, che appare inginocchiata e in preghiera su un bassorilievo di Gesù morto, opera in stucco realizzata nel XVIII sec.. Vi è poi la Cappella dell'Annunziata, che si dota di un altare e di una pregevole tela del Catalano che rappresenta la titolare. Si giunge poi all'ottagonale cappellone detto del "mal ladrone", realizzato nel 1681 dal castellano Giuseppe della Cueva, a ricordo dei soldati spagnoli morti a Gallipoli. Al centro del cappellone vi era un grande crocifisso ligneo, con il mal ladrone nel terzo lato dell'ottagono e il buon ladrone nel sesto. Ma è soprattutto la figura del mal ladrone che colpisce per la sua disperata e forte intensità espressiva, che il D'Annunzio definì di "orrida bellezza". Il mal ladrone (Misma) e il buon ladrone (Disma) furono realizzati da V. Genuino. Percorrendo la navata sinistra, partendo sempre dall'ingresso, si incontra la Cappella di Sant' Antonio da Padova, dotata di altare e di decorazioni barocche in stucco. Al centro dell'altare, del XVIII sec., una statua del Santo con il Bambino in braccio. La seconda cappella della navata sinistra è dedicata a Sant'Anna e risale ai primi anni del '600. Si dota di altare barocco sormontato da un dipinto del Coppola avente per tema la "Sacra Famiglia" e delle statue di Sant'Isidoro e San Francesco di Paola. Al centro, sempre del Coppola, la tela raffigurante "La Famiglia di Sant'Anna". La terza Cappella è quella dell'Immacolata, con un ricco altare seicentesco dotato di quattro colonne tortili e fastigio, che contiene una tela raffigurante il Padreterno. Al centro, in una nicchia, la statua dell'Immacolata, opera del Genuino, e ai lati le statue più piccole di autore ignoto, di Sant'Antonio da Padova e e San Francesco d'Assisi. Segue la barocca Cappella della Purificazione, che possiede un modesto altare con, al centro, una pregevole tela del Catalano. Infine la Cappella del Fonte Battesimale, dal dossale ligneo e a stucchi bianchi e dorati. A destra la quattrocentesca statua di San Michele Arcangelo.